Theo BBC Vietnamese, GS Ngô Bảo Châu cho biết ông đã gửi một bức thư kiến nghị về dự án Bauxit ở Tây Nguyên vào ngày 29 tháng 5 năm 2009 nhưng tới thời điểm phỏng vấn là ngày 13 tháng 12 năm 2009, ông vẫn chưa nhận được hồi âm. Nội dung của lá thư theo ông cho biết là đề cập đến chính sách thực dân mới của chính quyền Trung Quốc về khai thác khoáng sản trên toàn cầu và đặc biệt là tại Tây Nguyên, ông cũng đưa ra cảnh báo: "phần có hại thì cầm chắc, phần có lợi thì mong manh."[35].
Đồng thời trong cuộc phỏng vấn này, ông cũng cho hay ông có theo dõi sự kiện Viện nghiên cứu Phát triển (IDS), một Viện nghiên cứu và phản biện chiến lược tư nhân do Giáo sư Hoàng Tụy và Tiến sĩ khoa học Nguyễn Quang A đứng đầu, đã giải thể sau khi Viện này cho rằng một quyết định quản lý khoa học của Chính phủ ban hành năm 2009 là bất hợp lý. Và ông đã cho biết quan điểm của mình về vụ này như sau: "Tôi có theo dõi tuy không chi tiết như giới nhà báo. Nhưng một xã hội mà không biết lắng nghe các ý kiến phản biện là một chuyện tương đối dở".[35]
Trong vụ án Cù Huy Hà Vũ, Ngô Bảo Châu nói ông "vốn không đặc biệt hâm mộ" ông Cù Huy Hà Vũ, nhưng cho rằng ông Vũ là "một con người không tầm thường. Như Hector người thành Troy, như Turnus người Rutuli hay như Kinh Kha người nước Vệ, ông Vũ không hề sợ hãi khi phải đối mặt với số phận của mình"...[36]" đồng thời cũng chỉ trích chính quyền và tòa án rằng họ đã "cố tình làm mất thể diện quốc gia" khi "bắt ông (Vũ) bằng hai bao cao su đã qua sử dụng", xử "nửa công khai, nửa bí mật", và "từ chối thực hiện thủ tục tố tụng". Ông cho là: ""Không thể lấy sự cẩu thả và sự sợ hãi làm phương pháp bảo vệ chế độ." [36] Sau vụ bình luận gây nhiều tranh cãi này, vào ngày 11 tháng 4 năm 2011, blog cá nhân của GS. Ngô Bảo Châu có tên Thích học toán đã tạm đóng cửa và đặt ở chế độ cá nhân.[37]
Ngày 12/9/2015, trong chương trình giao lưu ra mắt sách "Kẻ trăn trở" của TS Lương Hoài Nam, GS Ngô Bảo Châu nhận xét: "Người biết phẫn nộ, biết trăn trở chính là người tạo ra động lực thay đổi trong xã hội, làm giảm bớt sự đau khổ của con người, giúp cho xã hội ngày càng tốt đẹp hơn".[38]
